خانه‌ای با ساعتی در دیوارهایش

لوئیس پدر و مادرش را از دست داده است و یتیم است. او دلتنگ پدر و مادرش است و باید با دایی‌اش در شهر و خانه‌ای جدید زندگی کند. لوئیس باید با شرایط جدید کنار بیاید. در مدرسه‌ی جدید بچه‌ها به او محل نمی‌دهند و به زور او را در تیم ورزشی می‌پذیرند. آن‌ها عینک لوئیس را مسخره می‌کنند. او برای این‌که با تاربی دوست شود دست به کارهای خطرناک می‌زند و کتابی را برمی‌دارد که دایی‌اش ممنوع کرده است.

لوئیس بعد از فوت پدر و مادرش تنها شده و می‌ترسد. او اعتمادبه‌نفس ندارد و برای دوستی با تاربی دست به هر کاری می‌زند. ولی کم‌کم یاد می‌گیرد خود واقعی‌اش را پیدا کند. او به اشتباهی که کرده اعتراف می‌کند و به جاناتان و فلورنس کمک می‌کند روح آیزک را از خانه بیرون کنند. سرآخر او با دختری دوست می‌شود که آرام و کتاب‌خوان است. دایی جاناتان که بلد نیست از بچه‌ها نگهداری کند، سعی‌اش را می‌کند خودش را تغییر دهد و فلورنس هم که بعد از مرگ همسر و دخترش خیلی ناراحت و افسرده است، کنار لوئیس امید به زندگی‌اش بیشتر می‌شود و تصمیم می‌گیرد با نگهداری از لوئیس به زندگی عادی برگردد.

لحن صحبت کردن دایی جاناتان با همسایه‌هایش و گاهی با فلورنس توهین‌آمیز است. علاوه بر آن، در این فیلم از واژه‌های توهین‌آمیزی مثل خل و چل، پیر چروکیده، گوریل‌انگوری، مترسک، بیفت بمیر، چهارچشمی (به خاطر داشتن عینک)، خرفت، پلید، لعنتی، چلغوز، کله‌کدویی، اسکل و... استفاده می‌شود.

مخاطب با تماشای این فیلم امکان دارد به جادو و تردستی علاقه‌مند می‌شود.

خانه‌ی دایی جاناتان بزرگ، قدیمی و ترسناک است. فضای خانه پر از ساعت است. لوئیس دائم احساس می‌کند دایی‌اش چیزی را از او پنهان می‌کند. در مدرسه یکی از بچه‌ها به لوئیس می‌گوید خانه‌ای که در آن زندگی می‌کنی کشتارگاه است و دایی‌ات آدم می‌کشد. لوئیس خواب مادرش را می‌بیند که به او می‌گوید جاناتان چیزی را از او پنهان می‌کند و او باید شجاع باشد. وقتی نصفه‌شب لوئیس دنبال دایی‌اش می‌رود، می‌بیند دایی‌اش دارد با تبر به چیزی می‌زند. از بالای پله‌ها موجود زره‌پوشی سُر می‌خورد پایین. وقتی لوئیس می‌خواهد از خانه فرار کند، مبلی سر راهش قرار می‌گیرد و اجازه نمی‌دهد از خانه فرار کند. جاناتان به یاد می‌آورد در گذشته خانه‌ای که در آن زندگی می‌کند منفجر شده است و آیزک با گفتن چند جمله می‌میرد. در یکی از موقعیت‌ها لوئیس و تاربی به گورستان می‌روند تا مرده‌ای را زنده کنند. یکی از قبرها تکان می‌‌خورد و دست مرده‌‌ای از تور گور بیرون می‌آید. وقتی لوئیس به خانه‌ی دایی‌اش می‌رود، درها خودبه‌خود بسته می‌شوند، و کتاب‌ها به سمت لوئیس حمله می‌کنند. وقتی دایی جاناتان و لوئیس و فلورنس به خانه برمی‌گردند متوجه می‌شوند روح آیزک برگشته و تمام کدوهای هالووین را تکه‌تکه کرده است. روح آیزک وارد خانه می‌شود و خانم هانچت هم به زن آیزک تبدیل می‌شود. لوئیس متوجه می‌شود کسی که به خوابش می‌آمده زن آیزک بوده نه مادرش و کلید جادویی با استخوان‌های خانم هانچت درست شده است. در چند موقعیت عروسک‌های آیزک به لوئیس و فلورنس و جاناتان حمله می‌کنند. کدوهای هالووین روی آن‌ها چسب بالا می‌آورند. دایی جاناتان به نوزاد تبدیل می‌شود. و سرآخر آیزک و همسرش لای چرخ‌دنده‌های ساعت غول‌پیکر پرت می‌شوند و می‌میرند.