این انیمیشن کامپیوتری که در ادامه‌ی قسمت اول آن ساخته شده که ماداگاسکار نام داشت، داستان چهار دوست است که اوقات خوشی را در ماداگاسکار می‌گذرانند اما به این نتیجه می‌رسند که وقت بازگشت به باغ ‌وحشی است که از آن آمده‌اند. به این منظور سوار هواپیمایی می‌شوند که دوستان پنگوئن‌شان تدارک دیده‌اند اما این پرواز موفقیت‌آمیز نیست و در جنگل‌های آفریقا سقوط می‌کنند. هر چهار شخصیت فیلم در باغ وحش بزرگ شده‌اند و توانایی زندگی در جنگل را ندارند. آن‌ها مستأصل و سرگردان‌اند؛ تا این‌که منابع آب تمام می‌شود و این چهار نفر می‌دانند که باید راه‌حلی پیدا کنند تا حیوانات را نجات دهند. آن‌ها با این‌که خیلی مشتاق‌اند به باغ وحش‌شان برگردند ولی برای حل مشکل بی‌آبی سایر حیوانات همان‌ جا می‌مانند و راه‌حلی پیدا می‌کنند. چهار دوست در طول داستان متوجه می‌شوند که دوستی‌شان از همه چیز مهم‌تر است. تأکید اصلی داستان روی مفهوم وفاداری به دوستان است. در این فیلم صحنه‌های ترسناک و خشن متعددی وجود دارد که برخی از آن‌ها ممکن است برای کودکان کم‌سن و سال یا حساس هراس‌آور باشند: هواپیمایی سقوط می‌کند و سرنشینانش وحشت‌زده می‌شوند اما کسی آسیبی نمی‌بیند. پیرزن و شیری با یکدیگر کتک‌کاری می‌کنند اما آسیبی نمی‌بینند. دو شیر بر سر قدرت با یکدیگر درگیر می‌شوند. حیوانات در هنگام مریضی در گودال‌هایی به نام «سوراخ مرگ» قرار می‌گیرند. آلکس در کودکی از پدرش جدا می‌شود؛ موضوعی که می‌تواند برای برخی کودکان ناراحت‌کننده باشد. بعضی شوخی‌ها و کمدی‌های بی‌ادبانه مانند تف کردن یا دست داخل بینی کردن هم در فیلم وجود دارد. تماشای این فیلم برای کودکان زیر 9 سال پیشنهاد نمی‌شود. برای کودکان 9 تا ۱۱ سال هم در صورتی پیشنهاد می‌شود که فیلم را با همراهی والدین تماشا کنند تا هم احساس امنیت کنند و هم فرصت داشته باشند در مورد موضوعات ترسناک و خشن فیلم با هم گفتگو کنند.

چهار دوست که از باغ وحشی در نیویورک به ماداگاسکار رفته‌اند، تصمیم می‌گیرند به باغ‌ وحش برگردند. هواپیمایشان در آفریقا سقوط می‌کند و مجبور به سازگاری با محیط وحشی آفریقا می‌شوند. هر چهار شخصیت فیلم در باغ وحش بزرگ شده‌اند و توانایی زندگی در جنگل را ندارند. الکس پدر و مادرش را در جنگل پیدا می‌کند و متوجه می‌شود که پدرش پادشاه گله‌ی شیرهاست اما الکس توانایی‌های لازم برای اثبات خودش به عنوان عضو گله را ندارد و در امتحان رد می‌شود. این مسئله باعث شرمساری خانواده می‌شود و شیر دیگری به‌جای پدرش بر تخت می‌نشیند. دیگر دوستان الکس هم شرایط بهتری ندارند و سازگار شدن با زندگی جنگل برایشان دشوار است؛ تا این‌که منابع آب تمام می‌شود و این چهار نفر می‌دانند که باید راه‌حلی پیدا کنند تا حیوانات را نجات دهند.

به نظر شما چطور دوستان می‌توانند با شخصیت‌های متفاوت یکدیگر کنار بیایند؟ شما همچین تجربه‌ای داشته‌اید؟ به نظرتان الکس هنگامی که متوجه شد مانند باقی شیرها بار نیامده، چطور با موقعیتش کنار آمد؟ درباره‌ی مخمصه‌ای که ملمن، گلوریا و مارتی، بعد از رها شدن در دشت بی‌درخت گرفتارش شدند، چه فکر می‌کنید؟ چطور این ماجرا آن‌ها را از هم جدا کرد؟ و مهم‌تر از آن، چطور دوباره آن‌ها را به یکدیگر نزدیک کرد؟